Maria Teresa d’Austria nel 1751 con un decreto autorizzò la costruzione di un tempio di proprietà della Confraternita Greca-Illirica dedicata a San Spiridione e alla Santissima Trinità nel borgo teresiano, accanto a Ponterosso e vicino alla Chiesa di Sant’Antonio Nuovo. Nel 1781 la comunità si divise in due gruppi e si distinsero in due sedi di culto: la chiesa di San Nicolò per i greci e la chiesa di San Spiridione per la componente serbo-ortodossa.
Nel 1861, in seguito ai lavori di interramento delle saline nell’omonimo Borgo, il tempio di San Spiridione venne demolito. Il progetto della nuova chiesa fu affidato all’Accademia delle Belle Arti di Venezia e a furono scelti i disegni dell’ architetto Carlo Maciacchini (1818-1899). La “Patente di Tolleranza” emanata nel 1761 da Maria Teresa vietava ai culti non cattolici l’apertura al pubblico dalla strada principale, ma l’architetto Maciacchini elabora la facciata principale con l’ingresso su Via San Spiridione e nel 1860 ottenne la deroga alle indicazioni del Patto e l’approvazione del suo progetto.
La nuova chiesa ha una struttura in stile bizantino-orientale con pianta a forma di croce greca e sugli angoli 4 campanili che sostengono la cupola centrica. Tutta la parte esterna del tempio è rivestita di pietre delle cave di Santa Croce nel Carso e di Brioni in Istria mentre la parte decorativa fu eseguita dal milanese Antonio Caremmi.
Sopra l’ingresso principale, nel mosaico su fondo oro, è raffigurato San Spiridione, titolare della chiesa, mentre nella lunetta e nelle nicchie sopra l’ingresso settentrionale, sul fianco sinistro del tempio, si possono ammirare
l’Arcangelo Michele e i santi Atanasio e Gregorio e su quello destro la Madonna con i santi Basilio e Giovanni Crisostomo. Per motivi economici l’uso dei mosaici fu limitato solo sulle facciate esterne mentre all’interno, per dare il medesimo effetto, gli affreschi furono dipinti a tempera e ad olio con la stessa tecnica del mosaico. I dipinti raffigurano scene di Cristo e della vita di San Spiridione.
L’interno della chiesa è riccamente dipinto con affreschi su fondo d’oro che raffigurano scene di Cristo e della vita di San Spiridione eseguiti da Giuseppe Bertini. Per motivi economici l’uso dei mosaici fu limitato solo sulle facciate esterne mentre all’interno gli affreschi furono dipinti con la stessa tecnica per dare il medesimo effetto.
In particolare si possono ammirare i dipinti di Cristo con gli apostoli, nell’abside principale, mentre, in quella di sinistra, San Spiridione durante il primo concilio ecumenico di Nicea (325 d.C.) e, sulla volta della cupola, il Cristo Pantocratore.
Le quattro icone coperte in oro e argento, eseguite in Russia tra il 1846 ed il 1850, erano già presenti nella prime chiesa e raffigurano S.Spiridione, la Madonna con il Bambino, il Cristo Re e l’Annunciazione.
Molti personaggi illustri legati alla comunità serbo-ortodossa arricchirono l’interno del tempio di doni preziosi come il futuro zar della Russia, Paolo I, che in occasione di una visita a Trieste, nel 1782, regalò una grande lampada votiva d’argento che oggi pende all’entrata della chiesa. Il tempio, completato nel 1869, alto 40 metri, lungo 38 e largo 31, può accogliere fino a 1600 fedeli ed è la chiesa serbo-ortodossa più importante in Italia. Dal 2011 fa parte della diocesi di Italia, Austria e Svizzera, con sede vescovile a Vienna.