Il Castello di San Giusto è il simbolo della città ed è situato sulla sommità dell’omonimo colle. Le sue origini risalgono dalla metà dell’età del Bronzo quando fu edificato un castelliere che dalla cima del colle dominava e controllava tutto il territorio. Intorno al castelliere, si sviluppò nella prima metà del primo millennio a.C. sotto l’impero romano,Tergeste la “città del mercato”. Nella prima metà del II secolo a.C. Tergeste viene conquistata dai Romani e il territorio che va dal colle fino al mare diventa una colonia militare.
Nel 1468, Trieste dominata dall’Austria, sotto ordine dell’imperatore Federico III, costruisce una casa fortificata, affiancata da una torre, in cima al colle di San Giusto, per ospitare il capitano imperiale, il cui compito era controllare il borgo cittadino.Oggi “Casa del Capitano”. Nei secoli seguenti intorno alla Casa del Capitano si sviluppò la struttura del Castello.Tra il 1508 e il 1509 Trieste fu dominata dai veneziani il cui progetto era costruire una vera e propria fortezza triangolare con tre bastioni ai vertici. Riuscirono ad edificare solo il primo bastione, detto Rotondo o Veneto, circolare attorno alla torre. Il Bastione Lalio o Hoyos, dalla forma poligonale,venne edificato nel 1553-1557 mentre quello triangolare il Bastione Fiorito o Pomis fu completato nel 1636.
Attraversato il ponte levatoio si entra nell’ampio vestibolo d’ingresso, voltato a crociera, costruito a metà ’500 assieme al Bastione Lalio.
Durante i restauri degli anni ’30 del ’900 sulle pareti del vestibolo sono state collocate diverse antiche lapidi, in parte connesse alla storia del Castello, in parte provenienti dalla demolizione di antiche case della zona della Città Vecchia di Trieste e altre dall’Istria.
In fondo al vestibolo si trovano due grandi automi batti-ore ottocenteschi, noti in città come Michez e Jachez, provenienti dall’orologio del palazzo municipale di Trieste in piazza dell’Unità d’Italia.
Attraversato il vestibolo si accede a un vasto spazio scoperto,il Cortile delle Milizie così denominato forse per l’utilizzo militare del castello a partire dalla metà del Settecento. Il profondo pozzo-cisterna che dava acqua al Castello è circondato da lapidi del seicento-settecento relative alla Torre del Porto ed al Palazzo di Città, che un tempo si trovavano nella piazza Grande, l’attuale piazza dell’Unità d’Italia.
Il primo ambiente che si incontra al Civico Museo del Castello-Armeria è la quattrocentesca Cappella dedicata a San Giorgio. La zona presbiteriale mostra l’originario aspetto tardo-gotico ed è coperta da una volta a crociera. Al centro della volta vi è lo stemma dell’imperatore Federico III d’Asburgo eppoi in basso sono racchiusi gli scudi di Stiria, Carinzia e Carniola su cui sono incisi la data 1471 e l’acronimo “A.E.I.O.U.”, scelto come motto dall’imperatore. Le teste dell’aquila imperiale austriaca sono state scalpellate alla fine della prima guerra mondiale con il ricongiungimento di Trieste all’Italia. La statua sull’altare è un Crocifisso in legno, ascrivibile a bottega nord-europea del XVII secolo e la statua in legno di un Santo (San Giovanni Evangelista o San Paolo), è databile al primo quarto del XV secolo.
Quando il Castello fu trasformato in Museo, nel 1935, fu realizzato nell’intera altezza del castello un grande scalone a doppia rampa elicoidale in pietra con pareti ornate da armi in asta dei secoli XVI e XVII.
Il Comune di Trieste nel 1933 rende In omaggio ad un personaggio illustre nella storia e nell’editoria triestina Giuseppe Caprin (1843-1904), acquistando dagli eredi gli arredi della casa che era stata nell’ Ottocento uno dei più importanti salotti culturali italiani. Al Castello la Sala Veneta della Casa di Caprin è diventata la Sala Caprin la sala in cui il patriota triestino teneva la sua collezione di oggetti veneziani dei secoli XVI-XVIII.
Il soffitto a cassettoni inquadra la grande tela con il Trionfo di Venezia di Andrea Celesti (1639-1700).Le due sculture in legno raffigurano i Dogi (sec. XVIII) eppoi una scultura lignea del sec. XVII che raffigura San Giorgio che uccide il drago. La stanza quattrocentesca ha mantenuto la sua struttura originale, con la volta gotica, decorazione a stelle dorate su fondo blu e l’originario pavimento in cotto. La decorazione rinascimentale che incornicia il caminetto e le eleganti piastrelle maiolicate che ne rivestono le pareti provengono dalla Sala Veneta di casa Caprin.
La collezione di armi presente nell’Armeria si è formata attorno ad un nucleo di antiche armi da guerra ed alabarde cittadine. Le armi sono esposte nei tre camminamenti di ronda,al coperto, e sono caratterizzate da una notevole varietà cronologica e tipologica:alabarde, partigiane, corsesche, falcioni, spade, pugnali, baionette,balestre, spingarde, fucili, pistole. Molte delle armi esposte sono state donate da collezionisti privati e anche acquistate nei mercati di antiquariato.
Sul lato destro del Cortile si trova l’ingresso del Lapidario Tergestino, ubicato nei cosiddetti “sotterranei” del Bastione Lalio. 
130 tra iscrizioni e sculture raccontano la storia di Tergeste romana con i monumenti dell’area capitolina, gli edifici sacri, il Teatro e le necropoli.